Bioinformatique

Bioinformatique
Master InformatiqueParcours Sciences des données et systèmes complexes (SDSC)

ComposanteUFR de mathématique et d'informatique

Description

Cet enseignement est un cours avancé sur des structures et données informatiques. Les concepts définis sur un alphabet fini quelconque seront principalement présentés sur l'alphabet génétique à 4 lettres et l'alphabet binaire à 2 lettres.

Compétences requises

À l'entrée de cet enseignement, un étudiant devrait posséder les éléments de base en théorie des graphes, probabilités et équations différentielles linéaires

Compétences visées

À l'issue de cet enseignement un étudiant saura:

  • Comprendre les définitions d'ensembles de mots, codes, codes circulaires.
  • Construire et analyser des graphes associés aux codes.
  • Déterminer une distance évolutive entre des données bruitées (binaire, génétique, linguistique, etc.).

L'étudiant possédera des connaissances approfondies sur des structures et données informatiques textuelles et également des compétences théoriques et appliquées en bioinformatique.

Disciplines

  • Informatique

Syllabus

Les thèmes étudiés sont: Ensemble de mots. Code. Codes uniformes. Codes circulaires (graphe, théorème associant circularité et acyclicité, plus long chemin dans le graphe acyclique, graphe biparti). Classes de codes: codes comma-free, codes comma-free forts. Codes mélangés. Codes génétiques. Modèles d'évolution de données à 1 et 2 paramètres. Distances évolutives entre les données à 1 et 2 paramètres. Projet sur l’acquisition de données génétiques à partir d’une base de données biologique ou projet sur les graphes de codes, au choix de l’étudiant.

Contacts

Responsable(s) de l'enseignement